Meren tai valtameren syvin osa ei saa auringonvaloa edes päivällä. Meren tai valtameren syvimmässä osassa asuvilla organismeilla on luonnostaan valon etuna ruumiissaan. Tätä ominaisuutta eläimissä kutsutaan bioluminesenssiksi. Tämä auttaa heitä saalistamaan ja joskus myös piiloutumaan saalistajilta. Jotkut käyttävät tätä myös kuten me käytämme taskulamppua. Kemikaali, joka auttaa luomaan tämän luminesenssin, on erilainen jokaisessa organismissa. Aequorea victoria on meduusa, joka aiheuttaa GFP:n bioluminesenssia varten. Jos haluat tietää lisää tästä proteiinista, tässä on joitain eroja GFP:n ja YFP:n välillä.
GFP vs YFP
Ero GFP:n ja YFP:n välillä on, että GFP on pääasiallinen meduusan tuottama proteiini ja YFP on YFP:n mutatoitu versio. GFP on vihreää fluoresoivaa proteiinia ja YFP on keltaista fluoresoivaa proteiinia. Ne ovat myös väriltään erilaisia, yksi on vihreä ja toinen keltainen. Keltaisella fluoresoivalla proteiinilla on korkeammat emissio- ja virityshuiput verrattuna vihreän fluoresoivan proteiinin emissio- ja virityshuippuihin.
GFP:n täysi muoto on Green Fluorescent Protein. Sitä löytyy meduusoista, jotka tunnetaan nimellä Aequorea Victoria. GFP:n pääominaisuus on, että se säteilee vihreää fluoresoivaa valoa altistuessaan sumentuville ultraviolettisäteille. Tämä proteiini koostuu 238 aminohaposta. Siinä on myös joitain parannettuja versioita, joita käytetään pääasiassa kokeiluihin. Niitä käytetään uusien geenien tuottamiseen soluissa ja molekyylibiologian alalla.
YFP:n täysi muoto on Yellow Fluorescent Protein. Se on mykistetty versio vihreästä fluoresoivasta proteiinista, joka löytyy Aequorea Victoriasta. Tämä proteiini säteilee keltaista fluoresenssia altistuessaan siniselle UV-säteelle. Tästä on kolme parannettua versiota. Ne ovat Ypet, Citrine ja Venus. Tätä proteiinia käytetään myös kokeisiin soluissa ja molekyylibiologiassa.
GFP:n ja YFP:n vertailutaulukko
| Vertailuparametrit | GFP | YFP |
| Täysi muoto | Vihreä fluoresoiva proteiini | Keltainen fluoresoiva proteiini |
| Johdettu jostakin | Aequorea Victoria, joka on eräänlainen meduusa | Green Fluorescent Proteinin geneettinen mutantti |
| Virityshuippu (aallonpituus) | 395 nm | 515 nm |
| Päästöhuippu (aallonpituus) | 509 nm | 527 nm |
| Parannetut versiot | smRS-GFP | Ypet, Citrine, Venus |
Mikä on GFP?
GFP:n täysi muoto on Green Fluorescent Protein. Sitä löytyy meduusoista, jotka tunnetaan nimellä Aequorea Victoria. GFP:n pääominaisuus on, että se säteilee vihreää fluoresoivaa valoa altistuessaan sumentuville ultraviolettisäteille. Tämä proteiini koostuu 238 aminohaposta. Sen molekyylimassa on 27 kD. Siinä on myös joitain parannettuja versioita, joita käytetään pääasiassa kokeiluihin.
Tällä proteiinilla on emissiotyypin ja viritystyypin fluoresenssiaallonpituudet. Emissiohuippu on alue, jolla säde emittoituu, ja virityshuippu on, kun fotonit virittyvät ja alkavat lähettää valoa. Virityshuippu on 395 nm ja emissiohuippu 515 nm.
GFP:llä on suuri sovellus solujen ja molekyylien tutkimuksessa. Tutkijat käyttävät tätä proteiinia reportterigeeninä soluissa ja molekyylissä. Reportterigeeni on geenityyppi, joka on kiinnittynyt toiseen geeniin, jota käytetään kokeessa sekvenssissä ja joka on helposti tunnistettavissa päägeenin suhteen. Tätä käytetään reportterigeeninä sen bioluminesenssiominaisuuksien vuoksi.
Tällä proteiinilla on myös monia muita etuja. Tämä geeni on perinnöllinen, eikä se myöskään reagoi muiden geenien kanssa biologisesti. Joten tutkimuksissa tämä geeni on enimmäkseen edullinen.
Mikä on YFP?
YFP:n täysi muoto on Yellow Fluorescent Protein. Se on mykistetty versio vihreästä fluoresoivasta proteiinista, joka löytyy Aequorea Victoriasta. Tämä proteiini säteilee keltaista fluoresenssia altistuessaan siniselle UV-säteelle. Tästä on kolme parannettua versiota. Ne ovat Ypet, Citrine ja Venus. Tätä proteiinia käytetään myös mikrobiologian kokeissa.
Keltainen fluoresoiva proteiini muodostuu neljän mutaation jälkeen vihreän fluoresoivan proteiinin luonnonvaraisesta lajikkeesta, joka löytyy syvänmeren meduusoista, joka tunnetaan nimellä Aequorea Victoria. Mutaation tärkeimmät ja tärkeimmät muutokset ovat treoniinin korvaaminen toisella kemikaalilla nimeltä tyrosiini kohdassa 203. Tämä muutos synnytti YFP-variantin. YFP:n virityshuippu on 515 nm ja emissiohuippu 527 nm. Molemmat huiput ovat korkeammat suhteessa emo-GFP:hen.
YFP:n parannetuilla versioilla, jotka ovat Ypet, Citrine ja Venus, on joitain enemmän etuja kuin niiden emoproteiini. Nämä ovat, että näillä parannetuilla varianteilla on nopeampi kypsyminen, lisääntynyt luminesenssi ja pienempi herkkyys kloridille suhteessa alkuperäiseen YFP:hen. YFP:tä käytetään myös solu- ja molekyylibiologian alalla. YFP:tä käytetään pääasiassa geneettisesti koodattujen anturigenien hyväksyjinä. Venus-variantilla on muutos uudessa aminohapposekvenssissä.
Tärkeimmät erot GFP:n ja YFP:n välillä
Johtopäätös
Näitä proteiineja löytyy pääasiassa vesieläimistä, jotka asuvat syvällä valtamerten alla. Nämä ovat erittäin tärkeitä heidän selviytymiselle. GFP ja YFP ovat vain esimerkkejä kemikaaleista, joita löytyy Aequorea Victoria -nimistä meduusoista. Eri organismeista löytyy ääretön määrä tämän tyyppisiä kemikaaleja niiden selviytymistarpeen mukaan.
Nykyään niiden proteiineissa olevia geenejä käytetään tutkimuksiin ja ne johtavat monien uusien geenien syntymiseen permutaatioyhdistelmästä muiden geenien kanssa. Joillakin näistä on erilaisia etuja, jotka johtavat niiden käyttöön vaadituilla alueilla.
